《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》（以下简称《教育规划纲要》）提出要“完善中国特色现代大学制度”，用十六个字表达为：依法办学、自主管理、民主监督、社会参与。构建和完善现代大学制度，实现高等教育可持续发展，是社会主义市场经济条件下教育国际化大趋势下高等院校必然的选择。
一、完善高等教育立法，健全运行体制与决策机制
高等教育法制建设是现代大学制度的基础和保障。现行的法律已有《高等教育法》、《学位条例》等，但由于我国经济社会的快速发展，许多情况已发生了变化，法律体系有必要进一步完善和发展。如高等教育的投入问题、学位授予问题、教育质量评鉴问题、聘任教师问题等，都是直接影响高校办学自主权的。要进一步明确国家和地方教育行政部门、大学及其它相关部门的权利和义务，进一步保障大学在教育教学活动中的自主权，保护教师、学生、家长的权益，规定这些权利、义务、权益最终实现的有效途径等。《教育规划纲要》提出了一个新课题，即：在坚持和完善党委领导下的校长负责制的前提下，在大学建立重大决策的咨询制度，尝试设立有中国特色的理事会制度。这将引导和鼓励教育体制改革试点学校在运行体制和决策机制上的探索和创新。
二、发挥学术权力的作用，克服大学行政化倾向
在大学治理中，学术权力与行政权力始终同时存在，并共同对大学的建设和发展产生影响。大学行政管理是必要的，但在大学内部存在着行政化的倾向也是不争的事实。如何发挥学术权力的作用，实现“教授治学”，提高教师的积极性，改善学校的学术氛围，是值得仔细研究和设计的一件大事。解决方案应是自下而上，而且应是灵活多样的。另外，在高校之外行政化的表现，如把大学领导的职位当作一般的组织资源来使用，这也是应当注意避免的。教育行政主管部门要尽可能为本次改革试点单位下放办学自主权限，加强宏观调控，减少和规范行政审批事项，在设置行政管理机构方面给予充分的自主权。
三、转变政府职能，改进高等教育质量评鉴方式
要转变政府职能，改变对高校的管理方式，从直接的行政管理、行政审批，转向应用法律、政策、信息发布、监督等方式实行宏观管理，支持学校自主办学。针对当前高校质量评估中的现实问题，拟对高等教育评鉴中如何转变政府职能的问题进行探讨。《教育规划纲要》明确要求在高校推进专业评价，建立科学、规范的评估制度，以保障高等教育的质量。现代大学制度建设工作组将把发挥地方评估机构、行业协会、专业学会等第三方力量的作用，促进管办评分离列为重点，并结合对国际质量评鉴的调研，就在我国建立一个多元化的，综合使用评估、认证、审核等不同方式的评鉴体系，以及促进高校内部建立自我保障机制等方面提出咨询意见。
四、以人为本，建立更为积极有效的用人机制
2006年以来国家稳步推进事业单位整体改革，为高校进一步深化用人机制改革创造了良好的外部制度环境。高校中教师的聘任、考评和激励机制是推动学校发展的最活跃的因素，也是学校“以人为本”的具体体现。除了教师外，职工的积极性也是至关重要的，直接影响到学校运转的支撑环境。如何建立合理而有效的、符合中国国情的用人机制，是现代大学制度建设的重点之一。我们看到本次教育体制改革试点中数所高校在岗位资源配置、人才选聘、人才评价、人才激励、人才流转与退出、权益保障等方面做出了积极探索和实践，这是值得支持和鼓励的。
五、现代大学制度建设，应加大对地方高校的关注
从大学在校生比例来看，90%以上学生在地方高校，因此地方高校的质量直接影响到中国高等教育的整体质量。目前，现代大学制度建设试点较多地集中在部属高校。作为较全面和中长期的考虑，应加大对地方高校的关注。教育行政部门要在不违反教育规律和大学发展原则的前提下，加大简政放权力度。进一步加强部属院校、本地优势行业与地方院校的交流，鼓励地方院校进一步调整优化学科专业布局结构，使得学校制度更完善、办学特色更鲜明、学科建设目标更清晰。